SECÇÕES
Exemplos de estudos no reino Fungi
Beringian_origins_and_cryptic_speciation_events_in_the_fly_agaric_(Amanita_muscaria)
Evidence_for_strong_inter-and_intracontinental_phylogeographic_structure_in_Amanita_muscaria
The_ectomycorrhizal_fungus_Amanita_phalloides_was_introduced_and_is_expanding
Sympatric_genetic_differentiation_of_a_generalist_pathogenic_fungus_Botrytis_cinerea
Phylogenetic_relationships_of_the_Gomphales
Major_fungal_lineages_are_derived_from_lichen_symbiotic_ancestors
Revisões, conceitos, modelos, simulações, metodologia
Mutation(Houle & Kondrashov) – uma revisão aprofundada dos conceitos relacionados com mutação (proof, 2004).
Distinguishing_Among_Evolutionary_Models_for_the_Maintenance_of_Gene_Duplicates(Hahn) – o problema específico da duplicação genética (2009).
Climbing_Mount Probable Mutation as a Cause of Nonrandomness in Evolution(Stoltzfus & Yampolsky) – uma teoria heterodoxa que leva em conta a possibilidade de certas mutações serem mais prováveis que outras (2009).
Origins_evolution_and_phenotypic_impact_of_new_genes – mecanismos de inovação genética (2010).
Common polymorphic transcript variation in human disease – Relação entre SNPs e variações no splicing, algumas com consequências seletivas
Faster than Neutral Evolution of Constrained Sequences: The Complex Interplay of Mutational Biases and Weak Selection – Efeitos paradoxais de aparente aceleração da divergência com seleção fraca com padrões heterogéneos de mutação
The_Rate_of_Molecular_Evolution_Considered_from_the_Standpoint_of_Population_Genetics(1969) – A proposta original do “relógio molecular”.
Limitations_of_Darwinian_selection_in_a_finite_population(1995) – Artigo póstumo abordando o chamado paradoxo de Haldane.
Non-Darwinian_Evolution(King&Jukes) – um brilhante clássico, baseado na análise de sequências de proteínas, que complementa Kimura na fundação da Teoria Neutral (1969).
The_neutral_theory_of_molecular_evolution(Holsinger) – explica a teoria neutral de forma relativamente acessível (2001–8).
The_Origins_of_the_Neutral_Theory_of_Molecular_Evolution – revisão histórica (1994).
Near-neutrality_in_evolution_of_genes_and_gene_regulation(Ohta) – explicação da teoria da quase neutralidade (2002).
Near_Neutrality(Hughes) – outra explicação da teoria da quase neutralidade, aproveitando para fazer uma revisão crítica dos resultados científicos e sua interpretação (2008).
Beyond Neutrality Ecology Finds Its Niche – Encontrar o equilíbrio conceptual entre neutralidade e seleção natural (o nicho ecológico como síntese de ambos os fatores)
Sequence Divergence Functional Constraint and Selection in Protein Evolution – evolução das proteínas (2003).
Mayr_mathematics_and_the_study_of_evolution(Crow) – revisão da argumentação anti-neutralista de Ernst Mayr (2009).
Fluctuating_selection_the_perpetual_renewal_of_adaptation_in_variable_environments(Bell) – um ponto de vista sobre a seleção natural que é pouco explorado mas é provavelmente muito importante para manter os polimorfismos nas populações (2010).
Adaptive landscapes and protein evolution
Can You Sequence Ecology Metagenomics_of Adaptive Diversification – comentário sobre um recente estudo de evolução experimental e suas implicações a nível de comunidades (2013).
Phenotypic Plasticity Costs of Phenotypes and Costs of Plasticity Toward an Integrative View – plasticidade fenotípica e o seu estudo experimental em populações microbianas (2008).
Purging_the_Genome_With_Sexual_Selection_Reducing_Mutation_Load_Through_Selection_on_Males – discussão da ação da seleção sexual na redução da carga genética mutacional (2009).
Constructing genomic maps of positive selection in humans – deteção de selective sweeps em dados genómicos (2009).
Beyond_Neutrality_Ecology_Finds_Its_Niche – uma peça jornalística sobre as dificuldades de unificar a inferência filogenética à volta da teoria neutral (2006).
Background Selection 20 Years on – O relevo da seleção "depuradora" na redução da variabilidade
Guide_to_phylogeny_reconstruction – uma boa introdução geral (2006).
Molecular_phylogenetics_principles_and_practice – outra boa introdução (2012).
Molecular_Phylogenetics_Mathematical_Framework_and_Unsolved_Problems – bastante mais avançado (2006).
A_review_of_long-branch_attraction – causa comum de distorções nas representações filogenéticas (2005).
Evolutionary_Trees_from_DNA_Sequences_A_Maximum_Likelihood_Approach – o artigo original de Felsenstein sobre o uso da verosmilhança máxima (maximum likelihood ou ML) na inferência filogenética (1981).
Phylogeny Estimation and Hypothesis Testing Using Maximum Likelihood – verosimilhança máxima explicada (1997).
On_the_Maximum_Likelihood_Method_in_Molecular_Phylogenetics – revisão que argumenta favoravelmente pelo uso da máxima verosimilhança (1991).
Discordance of Species Trees with Their Most Likely Gene Trees: A Unifying Principle – Uma metodologia para caracterizar e resolver ramificações "curtas"
Bushes_in_the_Tree_of_Life – o problema da resolução da hierarquia filogenética (2006).
The origin and diversification of eukaryotes - problems with molecular phylogenetics and molecular clock estimation – análise das alternativas de reconstrução filogenética (2006).
Trees_and_or_networks_to_display_intraspecific_DNA_sequence_variation – comparação entre duas formas de representar as afinidades (2012).
Recent_developments_in_genetic_data_analysis_what_can_they_tell_us_about_human_demographic_history – uma revisão de técnicas de coalescência (2004).
Microbial_systematics_in_the_post-genomics_era – a utilidade de indels conservados na deteção de eventos mutacionais únicos e transferência lateral, e sua robustez na reconstrução filogenética (2011).
Gene sequences useful for predicting relatedness of whole genomes in bacteria – identificação de genes cuja evolução melhor reflete a filogenia das espécies (2003).
Identification_of_mammalian_orthologs_using_local_synteny – solução para a distinção entre ortólogos e parálogos (2009).
Fast Phylogenetic Methods for the Analysis of Genome Rearrangement Data – utillização de duplicações, indels, translocações, inversões para a reconstrução filogenética (2001).
Computational_Prediction_of_Genomic_Functional_Cores_Specific_to_Different_Microbes – uma abordagem para a comparação entre genomas a nível funcional, assim como para a descoberta de genes não caracterizados (2006).
Is_a_New_and_General_Theory_of_Molecular_Systematics_Emerging – discussão dos métodos de inferência taxonómica (species trees) a partir dos cladogramas genéticos (gene trees) (2008).
From_Gene_Trees_to_Organismal_Phylogeny_in_Prokaryotes_The_Case_of_the_gamma-Proteobacteria – seleção de genes não duplicados como método de filtrar as homoplasias derivadas de transferência lateral de genes, exemplificada em bactérias (2003).
PhyDesign - an online application for profiling phylogenetic informativeness – implementação de critérios de prioridade de escolha de loci para análises filogenéticas (2011).
The estimation of population differentiation with microsatellite markers – revisão crítica dos estimadores FST e RST para micro-satélites (2002).
Conceitos de espécie versus fungos – parte de uma tese brasileira onde se discute a delimitação filogenética das espécies, com base nos problemas que se colocam com fungos
An ecologist’s guide to the animal model – Abordagem de caracteres de variação contínua na ecologia, com revisão de softwares disponíveis e introdução à sua aplicação
The_Population_Biology_of_Mitochondrial_DNA_and_its_Phylogenetic_Implications – dificuldades na utilização da informação no mtDNA (2005).
Revealing_the_hidden_complexities_of_mtDNA_inheritance – exceções à regra (2008).
Controversies_on_the_origin_of_life – revisão de teorias e pontos de vista sobre o 1º ser vivo.
Deep_phylogeny_ancestral_groups_and_the_four_ages_of_life
Origin_of_the_cell_nucleus_mitosis_and_sex
(eucariogénese) – as conceções de
Cavallier-Smith, versão 2010. Também:
Origin_of_mitochondria_by_intracellular_enslavement_of_a_photosynthetic_purple_bacterium
(2006).
Back_to_the_future_of_nucleic_acid_self-amplification – uma possível origem da auto-replicação do DNA (2009), ou a resolução de alguns paradoxos na auto-catálise por ribozimas.
Evolutionary origins and directed evolution of RNA – seleção in vitro de RNAs catalíticos como modelo para a compreensão do chamado 'mundo RNA'
The_origin_of_higher_taxa_macroevolutionary_processes_and_the_case_of_the_mammals – um tema que o neo-darwinismo deixou sempre de fora e para o qual a teoria é comparativamente incipiente (2007).
Levels_of_biological_organization_and_the_origin_of_novelty – categorias de mutação envolvidas em macroevolução (2011).
Exemplos de temas e seu tratamento (artigos originais e revisões)
Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life – Reconstruções filogenéticas da diversidade biológica, suas contradições e soluções
Molecular_and_Fossil_Evidence_on_the_Origin_of_Angiosperms – reavaliação dos parentescos entre angiospérmicas e gimnospérmicas, conjugando evidências moleculares, fósseis e morfológicas (2012). Origin_and_Early_Evolution_of_Angiosperms – uma versão anterior, que não deixa de ter interesse especialmente para a evolução dentro das Angiospérmicas (2008).
Ancient genome duplications during the evolution of kiwifruit (Actinidia) and related Ericales – deteção de duplicações genómicas totais (WGD) e ferramentas de análise respetivas (2010).
Myosin_domain_evolution_and_the_primary_divergence_of_eukaryotes – comparação entre miosinas para a resolução da história evolutiva dos eucariotas (2005).
Multigene_Phylogeny_of_Choanozoa_and_the_Origin_of_Animals – estudo multilocus resolve as origens dos animais e identifica diversas transições evolutivas que terão ocorrido nos antepassados coanoflagelados (2008).
Molecular_Phylogeny_and_Divergence_Times_of_Deuterostome_Animals – Análise multilocus com resolução de vários grupos de animais e estimativas de antiguidade (2005).
African_coelacanth_genome – O genoma do celacanto esclarecendo a topologia dos clados que precederam os tetrápodes e ao mesmo tempo a própria sucessão de inovações evolutivas que lhes deram origem
Strong_morphological_support_for_the_molecular_evolutionary_tree_of_placental_mammals – análise, em separado e em conjunto, de diversos marcadores genéticos, com a resolução de hierarquias avaliada pelo Bremer support (2009).
A Comprehensive Phylogeny of Beetles Reveals the Evolutionary Origins of a Superradiation – estudo dos subgrupos de Coleoptera e sua história evolutiva (2007).
Gene Family Evolution across 12 Drosophila Genomes – Estudo das duplicações e deleções no projeto dos 12 genomas do género Drosophila
The dynamics of vertebrate homeobox gene evolution: gain and loss of genes in mouse and human lineages – semelhante ao anterior, comparando espécies mais afastadas mas apenas na superfamília Hox
Evolution of the Toxins Muscarine and Psilocybin in a Family of Mushroom-Forming Fungi – Exemplo dum paralelismo
Genetic_identification_of_putative_remains_of_the_famous_astronomer_Nicolaus_Copernicus – a partir de dois cabelos, identificação do esqueleto de Copérnico e sua caracterização (2009).
Genetics_and_the_population_history_of_Europe – deteção de eventos de migração e efeito fundador (2001).
Maori_Origins_Y-Chromosome_Haplotypes – implicações para a história das populações do Pacífico a partir dos diversos tipo de cromossoma Y nos Maori (2001).
Genetics_and_Recent_Human_Evolution – discussão de novas abordagens e consequentes correções na reconstituição histórica da espécie humana atual, em especial sobre a consensual hipótese “out of Africa” (2007).
The prion protein gene in humans revisited - Lessons from a worldwide resequencing study – o gene da proteína do prião e os padrões de variação mutacional nas populações (2005).
Natural selection has driven population differentiation in modern humans – Análise de haplótipos revela padrões evolutivos diferenciados, indicativos de diferentes tipos de seleção (2007).
Effect_of_ancient_population_structure_on_the_degree_of_polymorphism_shared_between_modern_human_populations_and_ancient_hominins – um exemplo especialmente notável de como assumir-se que os marcadores são neutrais podem dar origem a interpretações erradas (2012).
A study of craniofacial variation in southern South American populations – Estudo craniométrico sugerindo a importância de fatores não aleatórios (plasticidade fenotípica, seleção) na divergência entre populações
The Mosaic Nature of Australopithecus sediba – O aparente paradoxo evolutivo dum australopiteco "mosaico"
New_Zealand_phylogeography_evolution_on_a_small_continent – o antigo continente da Zelândia como exemplo do estudo de continuidades e descontinuidades biogeográficas (2009).
Chloroplast DNA Phylogeny, Reticulate Evolution, and Biogeography of Paeonia – um interessante estudo revelando hibridação e fixação, isolamento geográfico, e hipóteses sobre o passado geológico de Paeonia (1997).
Lineage-dependent_ecological_coherence_in_bacteria – correlação entre grandes grupos naturais de bactérias definidos pelo rRNA 16S, e respetivos nichos ecológicos (2012).
Identifying_loci_under_selection_across_contrasting_environments_in_Avena_barbata – abordagem experimental para deteção dos QTL envolvidos na adaptação a diferentes ambientes (2006).
Opposites_attract_MHC-associated_mate_choice_in_a_polygynous_primate – seleção sexual, parentesco no MHC e heterozigose em micro-satélites (2009).
Paternal imprinting of mating preferences between natural populations of house mice (Mus musculus domesticus) – Estudo num ambiente experimental com ambiente enriquecido das preferências reprodutoras em relação à origem genética (micro-satélites) dos potenciais parceiros (2013).
Patterns of Speciation in Drosophila – distâncias genéticas (eletroforéticas, isoenzimas) como aferidor da tendência para isolament reprodutor pré-e pós-zigótico (1989).
Genome-wide_patterns_of_latitudinal_differentiation_among_populations – deteção, a partir de genomas completos, de loci envolvidos na adaptação diferencial entre populações (2012).
Resolving the evolution of extant and extinct ruminants with high-throughput phylogenomics – uso de SNPs à escala do genoma para obter a árvore filogenética dos artiodáctilos superiores e origens genéticas das raças de bovinos atuais (2009).
Mapping_the_Antigenic_and_Genetic_Evolution_of_Influenza_Virus – usando o antigénio HA1, analisa-se a disparidade entre gradualismo, genotipicamente, e equilíbrio pontuado, fenotipicamente (2004).
Molecular_archaeology_of_the_Escherichia_coli_genome – deteção de transferências laterais e seu significado ecológico (1998).
A population genomics insight into the Mediterraneanorigins of wine yeast domestication – Identificação dos ancestrais das leveduras da vinificação,e dos eventos de domesticação
Multiple_Paleopolyploidizations_during_the_Evolution_of_the_Compositae – utilização de ESTs para demonstrar as trajetórias de poliploidização nas asteráceas (2008).
Molecular_evolution_across_the_Asteraceae – análise comparativa, à escala genómica, de ESTs visando identificar mecanismos micro- e macroevolutivos (2011).
Genetic Structure of the Purebred Domestic Dog – Uso de microssatélites e programa STRUCTURE para a cassificação das raças caninas
A Gene Catalogue of the Euchromatic Male-Specific Region of the Horse Y Chromosome – Estudo da região de expressão específica dos machos no cromossoma Y, em equinos e outros mamíferos
Genetic_consequences_of_habitat_fragmentation_in_plant_populations – o problema da capacidade limitada das populações com reprodução sexuada contrariarem a perda de diversidade genética resultante dos baixos efectivos (2008).
Population size and major valleys explain microsatellite variation better than taxonomic units for caribou – efeito da deriva genética (2012).
Recovery_of_a_nearly_extinct_Galápagos_tortoise_despite_minimal_genetic_variation – demonstração da capacidade ed recuperação, a partir do cativeiro, de efetivos populacionais significativos (2012).
Delineating Species with DNA Barcodes – evidência de diferentes capacidades de aplicação do conceito de 'código de barras' genético na identificação taxonómica, em dois grupos de lepidópteros
Conservation_genetics_as_applied_evolution_from_genetic_pattern_to_evolutionary_process – uma revisão crítica dos problemas de conservação de recursos genéticos (2008).
Genetic_monitoring_and_complex_population_dynamics – um exemplo de monitorização da diversidade genética através de estimativas de Ne numa população ameaçada (2012).
Distribution of genetic variation within and among local populations of Arabidopsis thaliana over its species range – Arabidopsis thaliana como modelo da diversificação e de estudos de migração em espécies endogâmicas
Developmental evolution of trait diversification – destaque para o papel dos efeitos pleiotrópicos na "economia" genética da evolução
From dinosaurs to birds: a tail of evolution – o desenvolvimento, ontogénico assim como filogenético, das estruturas caudais adaptadas ao voo nas aves; dentro do mesmo tema da adaptação ao voo (membros anteriores): Forelimb posture in dinosaurs and the evolution of the avian flapping flight-stroke
Developmental_sequences_of_squamate_reptiles_are_taxon_specific – plasticidade das sequências de desenvolvimento embrionário como geradoras de contrastes macroevolutivos (2013).
Evolution of Vertebrate Appendicular Structures: Insight From Genetic and Palaeontological Data – análise dos processos de inovação do autópode (Tetrapodomorpha)
The Evolution of Gnathostome Development: Insight From Chondrichthyan Embryology – põe em evidência padrões conservados de expressão genética durante o desenvolvimento embrionário
Monosiga_tyrosine_kinase_signaling_network – comparação dos genes envolvidos na sinalização pTyr, entre o genoma dum coanoflagelado (protista) e o de metazoários (pluricelulares): divergência, paralelismo, herança comum (2008).
Developmental biology of Streptomyces from the perspective of 100 actinobacterial genome sequences – O género Streptomyces como modelo de evolução ontogénica e funcional
Origin_of_animal_epithelia_insights_from_the_sponge_genome – conjugando evolução e desenvolvimento (2010).
New Insights into Placozoan Sexual Reproduction and Development – desenvolvimento e marcadores de reproduçãosexuada em placozoários.
A dynamic history of gene duplications and losses characterizes the evolution of the SPARC family in eumetazoans – Relação entre a duplicação e expressão da família SPARC e o aparecimento de esqueleto nos vertebrados
Functional and ecological significance of rDNA intergenic spacer variation in a clonal organism under divergent selection – exemplo de seleção artificial, monitorizada através dum marcador ribossomal
Phenotypic_robustness_can_increase_phenotypic_variability_after_nongenetic_perturbations_in_gene_regulatory_circuits – uma atualização do conceito de assimilação genética (2011).
The Spandrels of San Marco and the Panglossian Paradigm: A Critique of the Adaptationist Programme – clássico da crítica ao neodarwinismo (1979).
Probabilistic causation and the explanatory role of natural selection – análise crítica dos conceitos sobre seleção natural
Eukaryotic_organisms_in_Proterozoic_oceans – os mais antigos eucariotas (2006).
Earliest_history_of_the_deuterostomes(soft_body_fossils_interpretation) – fósseis muito primitivos de deuterostómios e as limitações ao seu uso objetivo pela cladística (2009).
Punctuated Equilibrium at Twenty - A Paleontological Perspective – uma revisão da teoria do equilíbrio pontuado, 20 anos depois (1992).
Using phylochronology to reveal cryptic population histories – Meta-análise que exemplifica a importância do DNA de fósseis para o conhecimento mais detalhado da história evolutiva
Early Divergent Strains of Yersinia pestis in Eurasia 5,000 Years Ago – Reconstrução filogenética da aquisição de virulência pelo vibrião da peste
Molecules_into_Cells_Specifying_Spatial_Architecture – da molécula à célula (2005).
The_origins_of_multicellular_organisms – da célula ao tecido (2013).
Neutral_theory_a_historical_perspective(forests) – revisão da Teoria Neutral e da sua extensão para a ecologia das florestas (2007).
Darwin at 200 – Constatação dos problemas de implantação da teoria da evolução na opinião pública
Evolução, Ciência e Sociedade (tradução brasileira) – (original em Inglês)
Compilação de textos relacionados com as recentes polémicas sobre o criacionismo
Evolutiongems(Darwin200) – apresentação e referenciação de 15 artigos selecionados dos arquivos da revista Nature, em comemoração dos 200 anos de Darwin.
Focus on Evolution – Também no aniversário de Darwin, um número focado nalguns temas controversos, como o equilíbrio pontuado, a macroevolução, ou a relação entre filogenética e biossistemática.