E X P R E S S Ã O   G E N É T I C A

Promotores, fatores de transcrição, organização do núcleo

• Signal Transduction and the Control of Gene Expression
• Metazoan promoters
• Transcription factors: from enhancer binding to developmental control
• Classification and nomenclature of all human homeobox genes
• DeepBind. Ver ainda imagem ilustrando a representação das sequências alvo de fatores de transcrição sob a forma de logos ou distribuições de frequência (diversos algoritmos).
• DNA-Binding Specificities of Human Transcription Factors
• Artigos recentes sobre HSFs (heat shock factors)
• Genomic views of distant-acting enhancers / Enhancer identification through comparative genomics
• Topology of mammalian developmental enhancers and their regulatory landscapes
• Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms
• Landscapes and archipelagos: spatial organization of gene regulation in vertebrates
• Coleção de artigos sobre os clusters de globina
• Família de fatores de transcrição RUNX, "orquestradores do desenvolvimento"
• Efeitos da perda de função de silenciadores de transcrição
  

• Extensive Changes in the Expression of the Opioid Genes between Humans and Chimpanzees
• Transcriptional neoteny in the human brain
• Cis-regulatory mutations in human disease
• Core promoters
• What is a gene, post-ENCODE? History and updated definition
• Developments in CORG: a gene-centric comparative genomics resource
• Preferential associations between co-regulated genes reveal a transcriptional interactome in erythroid cells
• The transcriptional interactome: gene expression in 3D
• Chromatin Dynamics
• Beyond the Sequence: Cellular Organization of Genome Function /Nuclear microenvironments in biological control and cancer
• Promoter architecture and the evolvability of gene expression
• The complex eukaryotic transcriptome: unexpected pervasive transcription and novel small RNAs (CUTs)

Conformação da cromatina

• Genomic imprinting and parent-of-origin effects on complex traits
• Epigenetics in cancer
• Computational and experimental identification of novel human imprinted genes
• Tissue Distribution of 5-Hydroxymethylcytosine — o interesse na hmC começou principalmente neste artigo, principalmente pela abundância desta marca epigenética sobretudo no sistema nervoso central. A este propósito, ver Diversity of two forms of DNA methylation in the brain.
• An architectural genetic and epigenetic perspective
• Esquema geral dos controlos da transcrição: cromatina, enhancers, promotores
• "pescando" todos os reguladores da cromatina numa só experiência

micro-RNAs

• The evolution of gene regulation by transcription factors and microRNAs
• RNA interference in the nucleus
• microRNAs as oncogenes and tumor suppressors
• The microcosmos of cancer
• miRNA-mediated regulation of cell signaling and homeostasis in the early mouse embryo

• Multiple microRNAs modulate p21^Cip1/Waf1 expression by directly targeting its 3' untranslated region
• Regulação pelos recetores de estrogénios
• Coleção de artigos com diversas implicações de diagnóstico, incluindo alguns exemplos de cancro.
• Exemplo dum microRNA protetor do cancro coloretal

Outros aspectos da regulação da expressão genética

• Modificações pós tradução da p53
• Integrative classification of human coding and noncoding genes
• Splicing alternativo
• Translational control in cellular and developmental processes
• Vários níveis de regulação dos correpressores Ski e SnoN (via TGF-β)
• Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts

Metodologias

• The Message in the Marks, sobre a epigenética do cancro, complementado pelo guia de seleção de produtos da Millipore Epigenetics & Gene Regulation
• Recetor alfa do estrogénio como modelo de estudo dos alvos (promotores) doutros fatores de transcrição. Ver também secção dos micro-RNAs, e o exemplo de aplicação da estratégia de busca TREG com este fator de transcrição.
• Capturing Chromosome Conformation
• Busca automatizada e filtragem de interações Y2H entre recetores de hormonas esteroides

• Toward a protein-protein interaction map of the budding yeast: A comprehensive system to examine two-hybrid interactions in all possible combinations between the yeast proteins
• Bacteriomatch (Stratagene)
• Applying microscopy to the analysis of nuclear structure and function
• ChIP-seq accurately predicts tissue-specific activity of enhancers

Apresentação de 2020