Pequena biblioteca de Biologia Evolutiva
com ênfase nas ferramentas genéticas

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teoria

prática

outros



Artigos trabalhados nas aulas

Exemplos de estudos no reino Fungi

Filogeografia de Amanita muscaria e de Amanita phalloides

Beringian_origins_and_cryptic_speciation_events_in_the_fly_agaric_(Amanita_muscaria)

Evidence_for_strong_inter-and_intracontinental_phylogeographic_structure_in_Amanita_muscaria

The_ectomycorrhizal_fungus_Amanita_phalloides_was_introduced_and_is_expanding

Transferência de marcadores STR entre espécies da subsecção Phalloidineae

Using_the_incomplete_genome_of_the_ectomycorrhizal_fungus_Amanita_bisporigera_to_identify_molecular_polymorphisms_in_the_related_Amanita_phalloides

Especiação incipiente em Botrytis cinerea

Sympatric_genetic_differentiation_of_a_generalist_pathogenic_fungus_Botrytis_cinerea

Exemplos de taxonomia

Phylogenetic_relationships_of_the_Gomphales

Major_fungal_lineages_are_derived_from_lichen_symbiotic_ancestors

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Teoria

Revisões, conceitos, modelos, simulações, metodologia

Mutação, teoria neutral e adaptação

Mutação

Mutation(Houle & Kondrashov) – uma revisão aprofundada dos conceitos relacionados com mutação (proof, 2004).

Distinguishing_Among_Evolutionary_Models_for_the_Maintenance_of_Gene_Duplicates(Hahn) – o problema específico da duplicação genética (2009).

Climbing_Mount_Probable_Mutation_as_a_Cause_of_Nonrandomness_in_Evolution(Stoltzfus & Yampolsky) – uma teoria heterodoxa que leva em conta a possibilidade de certas mutações serem mais prováveis que outras (2009).

Origins_evolution_and_phenotypic_impact_of_new_genes – mecanismos de inovação genética (2010).

Artigos de Kimura

The_Rate_of_Molecular_Evolution_Considered_from_the_Standpoint_of_Population_Genetics(1969) – A proposta original do “relógio molecular”.

Limitations_of_Darwinian_selection_in_a_finite_population(1995) – Artigo póstumo abordando o chamado paradoxo de Haldane.

Outros sobre a teoria neutral

Non-Darwinian_Evolution(King&Jukes) – um brilhante clássico, baseado na análise de sequências de proteínas, que complementa Kimura na fundação da Teoria Neutral (1969).

The_neutral_theory_of_molecular_evolution(Holsinger) – explica a teoria neutral de forma relativamente acessível (2001–8).

The_Origins_of_the_Neutral_Theory_of_Molecular_Evolution – revisão histórica (1994).

Near-neutrality_in_evolution_of_genes_and_gene_regulation(Ohta) – explicação da teoria da quase neutralidade (2002).

Near_Neutrality(Hughes) – outra explicação da teoria da quase neutralidade, aproveitando para fazer uma revisão crítica dos resultados científicos e sua interpretação (2008).

Sequence Divergence Functional Constraint and Selection in Protein Evolution – evolução das proteínas (2003).

Mayr_mathematics_and_the_study_of_evolution(Crow) – revisão da argumentação anti-neutralista de Ernst Mayr (2009).

Adaptação

Fluctuating_selection_the_perpetual_renewal_of_adaptation_in_variable_environments(Bell) – um ponto de vista sobre a seleção natural que é pouco explorado mas é provavelmente muito importante para manter os polimorfismos nas populações (2010).

Can_You_Sequence_Ecology_Metagenomics_of_Adaptive_Diversification – comentário sobre um recente estudo de evolução experimental e suas implicações a nível de comunidades (2013).

Phenotypic Plasticity Costs of Phenotypes and Costs of Plasticity Toward an Integrative View – plasticidade fenotípica e o seu estudo experimental em populações microbianas (2008).

Purging_the_Genome_With_Sexual_Selection_Reducing_Mutation_Load_Through_Selection_on_Males – discussão da ação da seleção sexual na redução da carga genética mutacional (2009).

Constructing genomic maps of positive selection in humans – deteção de selective sweeps em dados genómicos (2009).

Beyond_Neutrality_Ecology_Finds_Its_Niche – uma peça jornalística sobre as dificuldades de unificar a inferência filogenética à volta da teoria neutral (2006).

Metodologia

Gerais

Guide_to_phylogeny_reconstruction – uma boa introdução geral (2006).

Molecular_phylogenetics_principles_and_practice – outra boa introdução (2012).

Molecular_Phylogenetics_Mathematical_Framework_and_Unsolved_Problems – bastante mais avançado (2006).

Técnicas e problemas

A_review_of_long-branch_attraction – causa comum de distorções nas representações filogenéticas (2005).

Evolutionary_Trees_from_DNA_Sequences_A_Maximum_Likelihood_Approach – o artigo original de Felsenstein sobre o uso da verosmilhança máxima (maximum likelihood ou ML) na inferência filogenética (1981).

Phylogeny Estimation and Hypothesis Testing Using Maximum Likelihood – verosimilhança máxima explicada (1997).

On_the_Maximum_Likelihood_Method_in_Molecular_Phylogenetics – revisão que argumenta favoravelmente pelo uso da máxima verosimilhança (1991).

Bushes_in_the_Tree_of_Life – o problema da resolução da hierarquia filogenética (2006).

The origin and diversification of eukaryotes - problems with molecular phylogenetics and molecular clock estimation – análise das alternativas de reconstrução filogenética (2006).

Trees_and_or_networks_to_display_intraspecific_DNA_sequence_variation – comparação entre duas formas de representar as afinidades (2012).

Recent_developments_in_genetic_data_analysis_what_can_they_tell_us_about_human_demographic_history – uma revisão de técnicas de coalescência (2004).

Microbial_systematics_in_the_post-genomics_era – a utilidade de indels conservados na deteção de eventos mutacionais únicos e transferência lateral, e sua robustez na reconstrução filogenética (2011).

Gene sequences useful for predicting relatedness of whole genomes in bacteria – identificação de genes cuja evolução melhor reflete a filogenia das espécies (2003).

Identification_of_mammalian_orthologs_using_local_synteny – solução para a distinção entre ortólogos e parálogos (2009).

Fast Phylogenetic Methods for the Analysis of Genome Rearrangement Data – utillização de duplicações, indels, translocações, inversões para a reconstrução filogenética (2001).

Computational_Prediction_of_Genomic_Functional_Cores_Specific_to_Different_Microbes – uma abordagem para a comparação entre genomas a nível funcional, assim como para a descoberta de genes não caracterizados (2006).

Is_a_New_and_General_Theory_of_Molecular_Systematics_Emerging – discussão dos métodos de inferência taxonómica (species trees) a partir dos cladogramas genéticos (gene trees) (2008).

From_Gene_Trees_to_Organismal_Phylogeny_in_Prokaryotes_The_Case_of_the_gamma-Proteobacteria – seleção de genes não duplicados como método de filtrar as homoplasias derivadas de transferência lateral de genes, exemplificada em bactérias (2003).

PhyDesign - an online application for profiling phylogenetic informativeness – implementação de critérios de prioridade de escolha de loci para análises filogenéticas (2011).

The estimation of population differentiation with microsatellite markers – revisão crítica dos estimadores FST e RST para micro-satélites (2002).

mtDNA

The_Population_Biology_of_Mitochondrial_DNA_and_its_Phylogenetic_Implications – dificuldades na utilização da informação no mtDNA (2005).

Revealing_the_hidden_complexities_of_mtDNA_inheritance – exceções à regra (2008).

Origem da Vida e grandes domínios

Controversies_on_the_origin_of_life – revisão de teorias e pontos de vista sobre o 1º ser vivo.

Deep_phylogeny_ancestral_groups_and_the_four_ages_of_life
Origin_of_the_cell_nucleus_mitosis_and_sex (eucariogénese) – as conceções de Cavallier-Smith, versão 2010. Também: Origin_of_mitochondria_by_intracellular_enslavement_of_a_photosynthetic_purple_bacterium (2006).

Back_to_the_future_of_nucleic_acid_self-amplification – uma possível origem da auto-replicação do DNA (2009).

Macroevolução

The_origin_of_higher_taxa_macroevolutionary_processes_and_the_case_of_the_mammals – um tema que o neo-darwinismo deixou sempre de fora e para o qual a teoria é comparativamente incipiente (2007).

Levels_of_biological_organization_and_the_origin_of_novelty – categorias de mutação envolvidas em macroevolução (2011).

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Prática

Exemplos de temas e seu tratamento (artigos originais e revisões)

Taxonomia e macroevolução

Molecular_and_Fossil_Evidence_on_the_Origin_of_Angiosperms – reavaliação dos parentescos entre angiospérmicas e gimnospérmicas, conjugando evidências moleculares, fósseis e morfológicas (2012). Origin_and_Early_Evolution_of_Angiosperms – uma versão anterior, que não deixa de ter interesse especialmente para a evolução dentro das Angiospérmicas (2008).

Ancient genome duplications during the evolution of kiwifruit (Actinidia) and related Ericales – deteção de duplicações genómicas totais (WGD) e ferramentas de análise respetivas (2010).

Myosin_domain_evolution_and_the_primary_divergence_of_eukaryotes – comparação entre miosinas para a resolução da história evolutiva dos eucariotas (2005).

Multigene_Phylogeny_of_Choanozoa_and_the_Origin_of_Animals – estudo multilocus resolve as origens dos animais e identifica diversas transições evolutivas que terão ocorrido nos antepassados coanoflagelados (2008).

Molecular_Phylogeny_and_Divergence_Times_of_Deuterostome_Animals – Análise multilocus com resolução de vários grupos de animais e estimativas de antiguidade (2005).

Strong_morphological_support_for_the_molecular_evolutionary_tree_of_placental_mammals – análise, em separado e em conjunto, de diversos marcadores genéticos, com a resolução de hierarquias avaliada pelo Bremer support (2009).

A Comprehensive Phylogeny of Beetles Reveals the Evolutionary Origins of a Superradiation – estudo dos subgrupos de Coleoptera e sua história evolutiva (2007).

Genetic_identification_of_putative_remains_of_the_famous_astronomer_Nicolaus_Copernicus – a partir de dois cabelos, identificação do esqueleto de Copérnico e sua caracterização (2009).

Homo

Genetics_and_the_population_history_of_Europe – deteção de eventos de migração e efeito fundador (2001).

Maori_Origins_Y-Chromosome_Haplotypes – implicações para a história das populações do Pacífico a partir dos diversos tipo de cromossoma Y nos Maori (2001).

Genetics_and_Recent_Human_Evolution – discussão de novas abordagens e consequentes correções na reconstituição histórica da espécie humana atual, em especial sobre a consensual hipótese “out of Africa” (2007).

The prion protein gene in humans revisited - Lessons from a worldwide resequencing study – o gene da proteína do prião e os padrões de variação mutacional nas populações (2005).

Natural selection has driven population differentiation in modern humans – Análise de haplótipos revela padrões evolutivos diferenciados, indicativos de diferentes tipos de seleção (2007).

Effect_of_ancient_population_structure_on_the_degree_of_polymorphism_shared_between_modern_human_populations_and_ancient_hominins – um exemplo especialmente notável de como assumir-se que os marcadores são neutrais podem dar origem a interpretações erradas (2012).

Filogeografia

New_Zealand_phylogeography_evolution_on_a_small_continent – o antigo continente da Zelândia como exemplo do estudo de continuidades e descontinuidades biogeográficas (2009).

Chloroplast DNA Phylogeny, Reticulate Evolution, and Biogeography of Paeonia – um interessante estudo revelando hibridação e fixação, isolamento geográfico, e hipóteses sobre o passado geológico de Paeonia (1997).

Marcadores

Lineage-dependent_ecological_coherence_in_bacteria – correlação entre grandes grupos naturais de bactérias definidos pelo rRNA 16S, e respetivos nichos ecológicos (2012).

Identifying_loci_under_selection_across_contrasting_environments_in_Avena_barbata – abordagem experimental para deteção dos QTL envolvidos na adaptação a diferentes ambientes (2006).

Opposites_attract_MHC-associated_mate_choice_in_a_polygynous_primate – seleção sexual, parentesco no MHC e heterozigose em micro-satélites (2009).

Paternal imprinting of mating preferences between natural populations of house mice (Mus musculus domesticus) – Estudo num ambiente experimental com ambiente enriquecido das preferências reprodutoras em relação à origem genética (micro-satélites) dos potenciais parceiros (2013).

Patterns of Speciation in Drosophila – distâncias genéticas (eletroforéticas, isoenzimas) como aferidor da tendência para isolament reprodutor pré-e pós-zigótico (1989).

Genome-wide_patterns_of_latitudinal_differentiation_among_populations – deteção, a partir de genomas completos, de loci envolvidos na adaptação diferencial entre populações (2012).

Resolving the evolution of extant and extinct ruminants with high-throughput phylogenomics – uso de SNPs à escala do genoma para obter a árvore filogenética dos artiodáctilos superiores e origens genéticas das raças de bovinos atuais (2009).

Mapping_the_Antigenic_and_Genetic_Evolution_of_Influenza_Virus – usando o antigénio HA1, analisa-se a disparidade entre gradualismo, genotipicamente, e equilíbrio pontuado, fenotipicamente (2004).

Molecular_archaeology_of_the_Escherichia_coli_genome – deteção de transferências laterais e seu significado ecológico (1998).

Multiple_Paleopolyploidizations_during_the_Evolution_of_the_Compositae – utilização de ESTs para demonstrar as trajetórias de poliploidização nas asteráceas (2008).

Molecular_evolution_across_the_Asteraceae – análise comparativa, à escala genómica, de ESTs visando identificar mecanismos micro- e macroevolutivos (2011).

Diversidade genética e conservação

Genetic_consequences_of_habitat_fragmentation_in_plant_populations – o problema da capacidade limitada das populações com reprodução sexuada contrariarem a perda de diversidade genética resultante dos baixos efectivos (2008).

Population size and major valleys explain microsatellite variation better than taxonomic units for caribou – efeito da deriva genética (2012).

Recovery_of_a_nearly_extinct_Galápagos_tortoise_despite_minimal_genetic_variation – demonstração da capacidade ed recuperação, a partir do cativeiro, de efetivos populacionais significativos (2012).

Conservation_genetics_as_applied_evolution_from_genetic_pattern_to_evolutionary_process – uma revisão crítica dos problemas de conservação de recursos genéticos (2008).

Genetic_monitoring_and_complex_population_dynamics – um exemplo de monitorização da diversidade genética através de estimativas de Ne numa população ameaçada (2012).

Evo-devo

Developmental_sequences_of_squamate_reptiles_are_taxon_specific – plasticidade das sequências de desenvolvimento embrionário como geradoras de contrastes macroevolutivos (2013).

Monosiga_tyrosine_kinase_signaling_network – comparação dos genes envolvidos na sinalização pTyr, entre o genoma dum coanoflagelado (protista) e o de metazoários (pluricelulares): divergência, paralelismo, herança comum (2008).

Origin_of_animal_epithelia_insights_from_the_sponge_genome – conjugando evolução e desenvolvimento (2010).

New Insights into Placozoan Sexual Reproduction and Development – desenvolvimento e marcadores de reproduçãosexuada em placozoários.

Phenotypic_robustness_can_increase_phenotypic_variability_after_nongenetic_perturbations_in_gene_regulatory_circuits – uma atualização do conceito de assimilação genética (2011).

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Outros documentos

Históricos

The Spandrels of San Marco and the Panglossian Paradigm: A Critique of the Adaptationist Programme – clássico da crítica ao neodarwinismo (1979).

A evidência fóssil e a reconstrução filogenética

Eukaryotic_organisms_in_Proterozoic_oceans – os mais antigos eucariotas (2006).

Earliest_history_of_the_deuterostomes(soft_body_fossils_interpretation) – fósseis muito primitivos de deuterostómios e as limitações ao seu uso objetivo pela cladística (2009).

Punctuated Equilibrium at Twenty - A Paleontological Perspective – uma revisão da teoria do equilíbrio pontuado, 20 anos depois (1992).

Integração funcional

Molecules_into_Cells_Specifying_Spatial_Architecture – da molécula à célula (2005).

The_origins_of_multicellular_organisms – da célula ao tecido (2013).

Extensões da teoria evolutiva

Neutral_theory_a_historical_perspective(forests) – revisão da Teoria Neutral e da sua extensão para a ecologia das florestas (2007).

Sinopse (Nature)

Evolutiongems(Darwin200) – apresentação e referenciação de 15 artigos selecionados dos arquivos da revista Nature, em comemoração dos 200 anos de Darwin.